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法人清算の手順と費用

株式会社・合同会社を閉じるための法的手続きを、解散決議から清算結了まで時系列で解説します。具体的な費用・必要書類・スケジュールを、実例を交えてお伝えします。

この記事のポイント
  • 法人清算の手続き費用は10〜25万円(登記・官報・税理士報酬の合計)
  • 官報公告の最低2ヶ月の期間があるため、手続き全体で最低3ヶ月必要
  • 清算を放置すると法人住民税の均等割(最低年間7万円)が発生し続ける
  • 自分で手続き可能だが、税務申告は税理士への依頼を強く推奨

法人清算とは

法人清算とは、会社の事業活動を終了し、法人格を消滅させる一連の手続きです。個人事業の廃業と異なり、法人には法的な「人格」があるため、法務局への登記手続きや官報での公告など、法律で定められた手順を踏む必要があります。

手続きを怠ると法人格が残り続け、毎年の税務申告義務や法人住民税の均等割(最低7万円/年)が発生し続けるため、確実に完了させることが重要です。中小企業庁の調査によると、年間約2万社が解散登記を行っていますが、清算結了まで至らず「みなし解散」扱いとなるケースも相当数存在します。

なお、債務超過の場合は通常の清算ではなく、特別清算や破産手続きが必要になります。本ガイドでは、資産が負債を上回っている(または同等の)場合の通常清算について解説します。

清算スケジュールの全体像

法人清算の手続きは最低でも3ヶ月、一般的には4〜6ヶ月かかります。以下のスケジュールを参考に計画を立ててください。

手続き
1ヶ月目2ヶ月目3ヶ月目4ヶ月目5ヶ月目6ヶ月目
解散決議・登記
実施
官報公告(2ヶ月以上)
開始
公告中
満了
債権回収・債務弁済
開始
進行中
進行中
完了
税務申告
準備
申告
残余財産分配
実施
清算結了登記
完了

※ 上記は標準的なスケジュールです。債権回収や資産売却に時間がかかる場合は、さらに長期化することがあります。

法人清算の流れ(全8ステップ)

1

解散決議

株式会社の場合は株主総会で特別決議(議決権の3分の2以上の賛成)が必要です。合同会社の場合は総社員の同意が原則です。決議では解散の日付と清算人の選任を同時に行います。

必要書類

  • 株主総会議事録(解散決議・清算人選任決議を記載)
  • 定款のコピー
  • 株主リスト(株主名簿記載証明書)
2

清算人の選任

清算人は、解散後の会社の残務処理を行う人です。多くの場合、代表取締役がそのまま清算人に就任します。清算人の職務は、現務の結了(取引の後始末)、債権の回収、債務の弁済、残余財産の分配です。

清算人は善管注意義務を負い、不正があると個人的な賠償責任を問われることもあります。

3

解散登記・清算人選任登記

解散の日から2週間以内に、法務局で解散の登記と清算人の選任登記を行います。

費用と必要書類

  • 登録免許税:解散登記3万円 + 清算人選任登記9,000円 = 合計3万9,000円
  • 株主総会議事録
  • 清算人の就任承諾書
  • 定款のコピー
  • 清算人の印鑑届出書

※ 司法書士に依頼する場合は3〜5万円程度の報酬が加算されます。

4

官報公告

解散後、官報に「債権者に対して債権を申し出るべき旨」の公告を掲載します。この公告は法律で義務付けられており、掲載費用は約3万2,000円〜3万5,000円です。公告期間は2ヶ月以上必要です。

この期間中に名乗り出なかった債権者は、残余財産の分配から除外されます。なお、知れたる債権者(会社が把握している債権者)には個別に通知する義務があります。

申込先:官報の公告は「全国官報販売協同組合」のWebサイトからオンラインで申し込めます。掲載まで1〜2週間かかるため、早めに手配しましょう。
5

債権者への個別通知

会社が把握している債権者(取引先、金融機関、リース会社など)には、官報公告とは別に個別に通知を送ります。内容証明郵便で送付すると、後日のトラブル防止に効果的です。この通知を怠ると、清算人が個人的な賠償責任を負う可能性があります。

6

残余財産の分配

官報の公告期間(2ヶ月以上)が満了し、全ての債務を弁済した後、残った財産を株主(出資者)に分配します。株式会社の場合は持株数に応じて、合同会社の場合は出資割合に応じて分配します。

税務上の注意点

残余財産の分配は「みなし配当」として課税対象になります。分配額のうち資本金等の額を超える部分は配当所得として所得税が課されます。たとえば資本金300万円の会社が株主に1,000万円を分配する場合、700万円がみなし配当として課税されます。

7

決算報告の承認

清算事務が全て完了したら、清算人が決算報告書を作成し、株主総会で承認を受けます。この決算報告には、債権の回収状況、債務の弁済状況、残余財産の分配結果を記載します。

8

清算結了登記

決算報告の承認から2週間以内に、法務局で清算結了の登記を行います。登録免許税は2,000円です。この登記が完了すると、法人格が消滅します。

登記完了後、税務署・都道府県税事務所・市区町村にも清算結了の届出を行いましょう。これで法人清算の全手続きが完了します。

法人清算にかかる費用の目安

法人清算の手続き自体にかかる費用は、事業の清算費用(原状回復・在庫処分など)とは別に発生します。以下は手続き費用の目安です。

費用項目金額
解散登記(登録免許税)3万円
清算人選任登記(登録免許税)9,000円
清算結了登記(登録免許税)2,000円
官報公告掲載料約3.2〜3.5万円
税理士報酬(確定申告・清算確定申告)5〜15万円
司法書士報酬(登記代行を依頼する場合)3〜5万円
合計目安10〜25万円

※ 上記は手続き費用のみの目安です。事業の清算に伴う費用(原状回復・設備撤去・退職金など)は別途発生します。

自分でやる場合 vs 専門家に依頼する場合

法人清算の手続きは、一部を自分で行うことでコストを抑えることが可能です。ただし、税務申告は複雑なため、税理士への依頼を強く推奨します。以下は、各手続きの比較表です。

手続き自分でやる専門家に依頼
解散決議・議事録作成自分でOK
テンプレートを活用
弁護士/司法書士に依頼可
解散登記・清算人選任登記やや難しい
費用:3.9万円
司法書士報酬:3〜5万円
合計:6.9〜8.9万円
官報公告自分でOK
Web申込可・3.2〜3.5万円
司法書士が代行可
税務申告(解散・清算確定申告)非推奨
ミスのリスク大
強く推奨
税理士報酬:5〜15万円
清算結了登記自分でOK
費用:2,000円
司法書士報酬:1〜2万円

自分でやる場合の費用目安

約12〜22万円

登記・官報は自分で、税務申告のみ税理士に依頼するパターン

全て専門家に依頼する場合

約18〜35万円

司法書士+税理士に全ての手続きを依頼するパターン

専門家の視点:「法人清算の税務申告は、通常の確定申告とは異なる特殊なルールが多い。特に、みなし事業年度の区切りや繰越欠損金の取扱いを間違えると、後から修正申告が必要になります。ここは税理士に任せるべきです」(税理士法人パートナー)

清算確定申告の注意点

法人清算に伴う税務申告は、通常の確定申告とは大きく異なります。以下の点に特に注意してください。

事業年度の区切り(みなし事業年度)

解散日をもって通常の事業年度は終了し、解散日の翌日から新たな「清算事業年度」が始まります。たとえば3月決算の会社が9月30日に解散した場合、4月1日〜9月30日が「解散事業年度」(6ヶ月間)となり、10月1日以降が清算事業年度です。

具体例:3月決算・9月30日解散の場合
・4/1〜9/30:解散事業年度の確定申告(解散日から2ヶ月以内 = 11/30まで)
・10/1〜清算結了日:清算確定申告(残余財産確定から1ヶ月以内)

清算事業年度が1年を超える場合

清算事業年度が1年を超える場合は、1年ごとに「みなし事業年度」が区切られ、中間申告が必要です。清算に時間がかかるケースでは、この中間申告を忘れがちなので注意してください。

繰越欠損金の活用

清算事業年度の確定申告では、繰越欠損金を全額(通常は所得の50%までの制限なし)使い切ることができます。これにより、清算所得に対する法人税を大幅に軽減できる場合があります。過去の赤字がある場合は、税理士に相談して活用しましょう。

法人住民税の均等割

法人格が存在する限り、法人住民税の均等割は発生し続けます。東京都23区の場合、最低でも年間7万円(資本金1,000万円以下・従業員50人以下)。清算手続きが遅れるほど、この無駄な支出が増えます。

ケーススタディ:資本金300万円のIT会社を清算したBさんの場合

Bさん(40代男性)/ 東京都港区

株式会社 / 資本金300万円 / 従業員2名 / 設立8年 / IT受託開発

Bさんは体調を崩したことを機に、受託開発会社の清算を決意。オフィスは賃貸で、主な資産は預金と売掛金のみでした。

清算にかかった費用

解散登記・清算人選任登記(自分で手続き)3.9万円
官報公告(Webで申込)3.3万円
税理士報酬(解散申告+清算確定申告)8万円
清算結了登記(自分で手続き)0.2万円
合計15.4万円

所要期間

解散決議〜解散登記2週間
官報公告期間2ヶ月
残務処理〜清算結了1.5ヶ月
合計約4ヶ月
Bさんの振り返り:「登記は自分でやりましたが、法務局の窓口で丁寧に教えてもらえました。税務申告だけは税理士に任せて正解でした。繰越欠損金があったおかげで、清算所得の税金はほぼゼロで済みました」

法人清算の注意点

税務申告を忘れない

解散日までの事業年度分と、解散日翌日から清算結了日までの清算事業年度分の、少なくとも2回の確定申告が必要です。申告を怠ると、清算結了登記後でも税務署から指摘を受ける場合があります。

官報公告の期間を守る

官報公告の期間は最低2ヶ月です。この期間を守らずに清算結了登記を行うと、登記が無効になる可能性があります。手続き全体で最低でも2ヶ月半〜3ヶ月は見込んでください。

帳簿の保存義務(10年間)

清算結了後も、帳簿や重要書類は10年間の保存義務があります(会社法508条)。清算人(または清算人が指定した者)が保管します。法人格が消滅しても保存義務は残るため、安易に廃棄しないでください。

社会保険の手続き

従業員がいた場合、社会保険の適用事業所全喪届を年金事務所に提出する必要があります。雇用保険の適用事業所廃止届もハローワークに提出してください。

清算の前に:M&Aも検討しましたか?

法人清算はコストがかかる一方、事業を第三者に譲渡(M&A)すれば、逆に対価を得られる可能性があります。特に、顧客基盤がある場合、独自の技術やノウハウがある場合、好立地の店舗がある場合は、M&Aを検討する価値があります。

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